เตือน PCR บางเจ้า ไม่จับไวรัสกลายพันธุ์ตัวร้าย โอมีครอน

วันนี้ 28 พ.ย.2564 เฟซบุ๊ก ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ (Center for Medical Genomics) คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล"

โพสต์ข้อความว่า

ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ได้ดี ยังสามารถตรวจจับสายพันธุ์ "โอมีครอน (B.1.1.529)" ได้หรือไม่

คำตอบคือยังตรวจจับได้....แต่

ชุดตรวจ "PCR" จะใช้ตัวตรวจตาม (PCR primer) เข้าตรวจจับจีโนมของไวรัสซึ่งเป็นสารพันธุกรรมประเภท "อาร์เอนเอ" โดยตรวจ 2-3 ตำแหน่งพร้อมกัน

ส่วนชุดตรวจ ATK เป็นการตรวจ "โปรตีนเปลือกนอก (antigen)" ของไวรัสทั้งตัว ล่าสุดยังไม่มีรายงานว่าตรวจจับสายพันธุ์ "โอมีครอน (B.1.1.529)" ไม่ได้
"ตระหนัก ตื่นรู้ได้ ดี แต่ไม่จำเป็นต้องตระหนก"

"We are on alert, but do not panic"

เตือน PCR บางเจ้า ไม่จับไวรัสกลายพันธุ์ตัวร้าย โอมีครอน

วันที่ 28 พฤศจิกายน 2564 นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ "อัปโหลด" รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 125 ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก "GISAID" เป็นที่เรียบร้อย (ภาพ 4) เพื่อให้นักวิจัยทั่วโลกได้นำไปศึกษาวิจัย เพื่อพัฒนาการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ การป้องกัน และรักษาด้วยยาต้านไวรัส

ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ส่วนใหญ่จะตรวจจีโนมของไวรัส 2-3 ตำแหน่งหรือ 2-3 ยีนพร้อมกัน ไม่ได้ตรวจเพียงตำแหน่งเดียว เพื่อหากตรวจพลาดไปบางตำแหน่ง ก็ยังมีตำแหน่งอื่นที่ยืนยันผลได้

"WHO" เองก็สนับสนุนให้ปรับวิกฤตให้เป็นโอกาส โดยให้สังเกตุผลลบที่ขาดหายไปบางตำแหน่ง เช่นบนยีน S ที่สร้างโปรตีนส่วนหนาม (S dropout) หากพบว่าขาดหายไปตรวจไม่พบ ให้สงสัยว่าอาจเป็นสายพันธุ์ "โอมีครอน"

จากนั้นให้ส่งตัวอย่างดังกล่าวไปถอดรหัสพันธุกรรมเพื่อยืนยันสายพันธุ์ต่อไป

ยีนของไวรัสโคโรนา 2019 ที่ชุดตรวจ PCR ใช้เป็นเป้าหมายในการตรวจจับ มีหลายยีน เช่น M,N,S,E,Orf1ab, RdRp, Orf8, และ Nsp2 (ภาพ 3)

ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ได้ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ "โอไมครอน" ทั้ง 125 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตาม (PCR primer) ของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง ผ่านโปรแกรมที่ชื่อว่า "Nextclade" (https://clades.nextstrain.org/
) ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบน"คอมพิวเตอร์" (ซึ่งต้องยืนยันผลกับตัวอย่างเชื้อไวรัสในห้องปฏิบัติการอีกครั้งหนึ่ง) พบว่าทั้ง 125 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหาไม่มากก็น้อยกับชุดตรวจ PCR "บางยี่ห้อ" ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ได้ในบางยีน โดยอาศัยการตรวจสอบรหัสพันธุกรรมของตัวตรวจตาม (PCR Primer) ที่บ่งชี้ว่าอาจตรวจจับกับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอมีครอนได้ไม่ดีหรือจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก

อย่างไรก็ตามชุดตรวจ PCR ส่วนใหญ่จะตรวจยีน 2-3 ยีนพร้อมกัน การตรวจไม่พบหรือ การ "dropout" บางยีน อาจไม่ส่งผลกระทบมากนักเพราะจะมีผลบวกจากยีนตำแหน่งอื่นคอยยืนยัน

ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด-PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์ "โอมีครอน"

หลายคนอาจสงสัยว่า จีโนม, ยีน, ดีเอ็นเอ, อาร์เอ็นเอ คืออะไร และอยู่ตรงส่วนไหนของไวรัส

"จีโนม" คือชุดคำสั่งทางพันธุกรรมทั้งหมดที่พบในเซลล์ ในมนุษย์ จีโนมประกอบด้วยโครโมโซม 23 คู่ที่พบในนิวเคลียส แต่ละชุดประกอบด้วยลำดับดีเอ็นเอประมาณ 3.1 พันล้านเบส ความยาวของจีโนมหากเรียงต่อกันไวรัสโคโรนา 2019 จะมีขนาดสั้นกว่าจีโนมมนุษย์ "แสนเท่า" ประกอบด้วยอาร์เอ็นเอเรียงสลับกันไปมา 30,000 เบส คล้ายสายลูกปัด 4 สีเรียงสลับกัน 30,000 ลูก จีโนมจะประกอบด้วยสารพันธุกรรมดีเอ็นเอ หรืออาร์เอ็นเอ

"ดีเอนเอ" คือกลุ่มของโมเลกุลที่มีหน้าที่ในการขนถ่ายและถ่ายทอดสารพันธุกรรมหรือคำสั่งทางพันธุกรรมจากพ่อแม่สู่ลูก ประกอบด้วยสารเคมี 4 ประเภท เรียงสลับกันไปมาคล้ายสายลูกปัด คือ อะดีนีน (A), ไทมีน (T), กวานีน (G) และไซโตซีน (C) โดยพันกันอยู่สองสาย (double helix)

"อาร์เอ็นเอ" มีโครงสร้างและคุณสมบัติคล้ายคลึงกับดีเอ็นเอ แต่มีเบสเรียงต่อกันเพียงสายเดียวและแทนที่จะเป็นเบสไทมีน (T) อาร์เอ็นเอ มีเบสที่เรียกว่ายูราซิล (U)