คนเหล่านี้ ถึงกับเข้าฝ่ายกับฟิวดัลลอร์ดบางคนเพื่อให้ต่อสู้กับฟิวดัลลอร์ดอื่น ด้วยเหตุนี้ เมื่อพวกมิชชั่นนารีคริสตังชาวโปรตุเกส เข้ามาที่ญี่ปุ่นในราวปี พ.ศ. 2100 นั้น ซึ่งตอนนั้น โนบุนาคาเป็นบุคคลที่มีอิทธิพลมากที่สุดในญี่ปุ่น จึงได้ให้การสนับสนุนกิจกรรมของมิชชั่นนารี
โนบุนาคา ได้เข้าโจมตีกองทัพพระสงฆ์ของวัดบนภูเขาอิไอ และได้เผาพระอารามเป็นจำนวน 3,000 กว่าวัด และได้สังหารผู้ที่พำนักอยู่ในวัดทั้งหมด ถึงแม้ว่าโนบุนาคาจะไม่สามารถเอาชนะท่านเจ้าอาวาสเคนโยแห่งโอซากาได้ แต่ทั้งสองฝ่ายก็ได้ยอมรับในข้อตกลงระหว่างกัน จากนั้นมาอำนาจทางการเมือง และการทหารของพระอารามต่างๆก็ได้เสื่อมคลายลงไป โดยไม่มีวันหวนกลับมาเหมือนเก่าได้อีกเลย