ทหารกองทัพจักรพรรดิญี่ปุ่น[ได้ทำการทารุณกรรมแก่เชลยสงคราม สังหารพลเรือน โดยการทารุณกรรมต่างๆ และโดยเฉพาะอย่างยิ่งคือ "การข่มขืน" ผู้หญิงพลเรือนจำนวน 20,000 - 80,000 คน ซึ่งเป็นที่โด่งดังไปทั่วโลก
กองทัพญี่ปุ่นใช้ประโยชน์จากภูมิประเทศที่ว่า นานกิงนั้นถูกขนาบด้วยแม่น้ำถึงสองด้าน ซึ่งเมืองนี้ตั้งอยู่ทางใต้ของโค้งแม่น้ำแยงซี ซึ่งเมื่อไหลมาจากทางเหนือแล้วก็เลี้ยวผ่านไปทางตะวันออก กองทัพญี่ปุ่นภายใต้การนำของพลเอก นาคาจิมา เคซาโกะ สามารถเดินทัพจากทางตะวันออกเฉียงใต้มาบรรจบกันที่ด้านหน้าของนานกิงในรูปครึ่งวงกลม โดยใช้แม่น้ำเป็นกำแพงธรรมชาติล้อมเมืองหลวงแห่งนี้ รวมทั้งสกัดการฝ่าหนีออกไป
ปลายเดือนพฤศจิกายน ทหารญี่ปุ่นสามกองทัพดาหน้าเข้าหานานกิง ทัพหนึ่งมุ่งตะวันตกทางฝั่งด้านใต้ของแม่น้ำแยงซี ทหารกองนี้เข้ามาทางแม่น้ำไป๋เหมา ซึ่งอยู่ทางตะวันตกเฉียงเหนือของเซี่ยงไฮ้ โดยเดินทัพมาทางรถไฟสายนานกิง-เซี่ยงไฮ้
ทัพที่สองเตรียมตัวบุกจู่โจมนานกิงทั้งทางน้ำและทางบกอยู่ที่ทะเลสาบอ้ายหู ทัพนี้เคลื่อนจากเซี่ยงไฮ้ลงมาทางตะวันตก และเดินทัพอยู่ทางทิศใต้ของทัพของนาคาจิมา โดยผู้นำทัพนี้คือ พลเอกมัตสึอิ อิวาเนะทัพที่สามภายใต้การนำของพลโทยานากาวา ไฮสุเขะ เดินห่างจากทัพของพลเอกมัตสึอิลงไปทางใต้และหักเลี้ยวเข้าหานานกิงจากทางตะวันตกเฉียงเหนือ
ก่อนที่จะบุกถึงนานกิงนั้นทหารญี่ปุ่นได้เข้าโจมตีเมืองซูโจวและฆ่าทุกคนที่พบ การบุกเข้าเมืองซูโจวครั้งนี้ทำให้จำนวนประชากรลดลงจาก 350,000 คนลงเหลือไม่ถึง 500 ชีวิต