จุดกำเนิดมหาวิทยาลัยครั้งแรก ก่อตัวเป็น “จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย”
หากกล่าวโดยคร่าว จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยถือเป็นการก่อกำเนิดมหาวิทยาลัยครั้งแรกในเมืองไทยที่มี "การศึกษาตามแบบตะวันตก" ถือกำเนิดจากโรงเรียนสำหรับฝึกหัดวิชาข้าราชการฝ่ายพลเรือน โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้ตั้งขึ้น ณ ตึกยาวข้างประตูพิมานชัยศรีในพระบรมมหาราชวัง เมื่อ พ.ศ.2442 และได้รับพระบรมราชานุญาตให้เปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนมหาดเล็ก เมื่อ 1 เมษายน พ.ศ. 2445
พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ได้ทรงพระอนุสรณ์คำนึงถึงพระบรมราโชบายในสมเด็จพระบรมชนกาธิราชที่จะ "ให้มีมหาวิทยาลัยขึ้นสำหรับเป็นสถาบันอุดมศึกษาของชาวสยาม" พอที่จะช่วยให้กิจการปกครองท้องที่ของกระทรวงมหาดไทยดำเนินไปได้ เมื่อสมควรขยายการจัดการศึกษาเพื่อสนองความต้องการของกระทรวง ทบวง กรมอื่นๆ จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาโรงเรียนมหาดเล็กเป็นสถาบันอุดมศึกษา พระราชทานนามว่า "โรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว" เมื่อ 1 มกราคม 2453จากนั้นในวันที่ 26 มีนาคม 2459 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระบรมราชโองการประดิษฐานโรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวขึ้นเป็น จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พร้อมกับโอนมหาวิทยาลัยแห่งนี้ไปขึ้นกับกระทรวงธรรมการ
ดร. นนทพร อยู่มั่งมี อธิบายไว้ว่า
"เป็นผลจากการปฏิวัติอุตสาหกรรมในยุโรปเป็นแรงกระตุ้นสำคัญที่ทำให้ชาติมหาอำนาจตะวันตกเข้ามาครอบครองดินแดนต่างๆ ทั้งเพื่อแสวงหาทรัพยากรทางเศรษฐกิจและเพื่อแข่งขันอำนาจทางการเมืองระหว่างกัน สิ่งที่ตามมาล้วนมีผลกระทบต่อคนพื้นเมือง ได้แก่ การพัฒนาดินแดนอาณานิคมต่างๆ ของชาติตะวันตก เช่น ด้านสาธารณูปโภค ระบบการศาล รวมทั้งการอบรมชนพื้นเมืองไว้สำหรับช่วยงานของเจ้าอาณานิคมตะวันตกด้วยการวางแบบแผนของการศึกษาตามอย่างตะวันตกทั้งทางด้านเทคนิควิทยาการต่างๆ รวมทั้งด้านภาษาให้สามารถสื่อสารระหว่างกันได้ ซึ่งผู้ที่รับผิดชอบด้านการศึกษามีทั้งรัฐบาลเจ้าอาณานิคมและคณะสอนศาสนาซึ่งต่อมาจะขยายออกเป็นวิทยาลัยและมหาวิทยาลัยตามลำดับ"พ.ศ. 2400 (ค.ศ. 1857) ภายในทวีปเอเชียเกิดการตั้งมหาวิทยาลัยตามแบบตะวันตกแห่งแรกในอินเดียซึ่งเป็นอาณานิคมของอังกฤษ ได้แก่ University of Calcutta หลังจากนั้นปีเดียว ญี่ปุ่นก็ตั้งมหาวิทยาลัยแห่งแรกคือ Keio University ขณะที่ในสยามซึ่งเริ่มมีการเปลี่ยนแปลงด้วยการรับวิทยาการและการค้าการติดต่อกับชาติตะวันตกในช่วงเวลาเดียวกันได้มีมิชชันนารีชาวอเมริกัน คือ หมอบรัดเลย์ มีข้อเสนอแนะให้รัฐบาลตั้ง "ยูนิเวอซิติ" ผ่านหนังสือพิมพ์ The Bangkok Recorder ของตนเมื่อ พ.ศ. 2408
เวลาล่วงเลยไปอีก 20 ปี ในพ.ศ. 2420 ศาสนาจารย์แซมวล จี. แมกฟาร์แลนด์ (Samuel G. McFarland) ซึ่งทำงานเผยแผ่ศาสนาที่เพชรบุรี เสนอแผนการตั้งวิทยาลัยให้การศึกษาแก่เด็กๆ ที่กรุงเทพฯ ต่อรัฐบาล ซึ่งได้รับความสนพระราชหฤทัยจากพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวอย่างมาก จึงโปรดเกล้าฯ ให้แมกฟาร์แลนด์รับผิดชอบการดำเนินงานโรงเรียนสวนอนันต์ ที่วังนันทอุทยาน ซึ่งเปิดในเดือนมกราคม พ.ศ. 2421 (ห้ามสอนคริสต์ศาสนา สอนได้เฉพาะธรรมเนียมการหนังสือ และฝึกหัดลายมือสำหรับเป็นเสมียน รวมถึงวิชาเลขและช่างต่างๆ)
ระบบราชการที่เปลี่ยนไปในระยะนี้มีการเปลี่ยนแปลงหลายประการ เช่น การแยกผลประโยชน์ที่ชัดเจนระหว่างผลประโยชน์ของรัฐและของส่วนบุคคลด้วยการกำหนดเงินเดือน การกำหนดเวลาและสถานที่ทำงานราชการ ขณะที่การเลือกรับบุคลากรก็พิจารณาจากความรู้เป็นหลักมากกว่าก่อนหน้านี้โดยเฉพาะความเข้าใจในวิชาการตะวันตกและระบบบริหารแบบใหม่ ทั้งนี้ยังสอดคล้องกับการจัดรูปแบบงานอย่างใหม่ด้วยการแบ่งสัดส่วนของงานแยกไปตามประเภทของงานด้วยการจัดเป็นกระทรวงและกรมต่างๆ มีระเบียบการบริหารงานอย่างชัดเจน
ดร. นนทพร อธิบายว่า หลังจากการปฏิรูประบบราชการที่ล้วนต้องการผู้ปฏิบัติงานที่มีความรู้ในงานราชการแบบใหม่ และเป็นแรงผลักดันสำคัญให้มีการขยายโอกาสการศึกษาด้วยการตั้งโรงเรียนโดยในระยะแรกเน้นการฝึกหัดผู้ที่จะเป็นมหาดเล็กเนื่องจากเป็นผู้ใกล้ชิดเบื้องพระยุคลบาทกับทั้งยังสอดคล้องกับธรรมเนียมเดิมซึ่งผู้ที่จะการเข้ารับราชการมักต้องถวายตัวเป็นมหาดเล็กต่อองค์พระมหากษัตริย์ก่อนเสมอต่อมา ระบบเริ่มประสบปัญหาเนื่องจากผู้ที่เป็นขุนนางใหม่ในขณะนั้นมักไม่ใช่บุคคลที่พระมหากษัตริย์ทรงรู้จัก เพราะธรรมเนียมการรับราชการก่อนหน้านี้มักอาศัยการถวายตัวเป็นมหาดเล็กในเบื้องต้น แต่ขุนนางที่มีขึ้นตั้งแต่ช่วงปฏิรูประบบราชการใน พ.ศ. 2435 เป็นต้นมา มักเป็นบรรดาเสมียนตามกระทรวงต่างๆ เป็นพื้นฐาน ทำให้สมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงเห็นว่าควรมีโรงเรียนขึ้นในกรมมหาดเล็กเพื่อให้ศึกษาขนบธรรมเนียมราชสำนักควบคู่กับความรู้เบื้องต้นสำหรับราชการในกระทรวงต่างๆ
แต่กว่าที่โรงเรียนสำหรับฝึกหัดวิชาข้าราชการฝ่ายพลเรือน จะเปิดขึ้นก็ต้องรอจนถึงใน พ.ศ. 2442 หลังจากนั้นอีก 3 ปีต่อมาจึงมีการประกาศพระบรมราชโองการเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนมหาดเล็กอย่างเป็นทางการใน พ.ศ. 2445 จากที่พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหลวงดำรงราชานุภาพ (พระยศขณะนั้น) ขอพระราชทานเปลี่ยนชื่อโรงเรียนฝึกหัดข้าราชการพลเรือนใหม่ว่า โรงเรียนมหาดเล็ก และได้มีพระบรมราชโองการประกาศตั้งโรงเรียนมหาดเล็กอย่างเป็นทางการใน พ.ศ. 2445 ซึ่งโรงเรียนดังกล่าวนี้ได้ดำเนินการมาจวบจนสิ้นรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
ภายหลังที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวสวรรคตในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2453 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติ พระองค์มีพระราชดำริแก้ไขการดำเนินงานของโรงเรียนมหาดเล็ก ซึ่งอาศัยแนวการดำเนินงานตามที่สมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ากรมขุนพิษณุโลกประชานาถ มีพระดำริให้นำเงินที่เหลือจากการเรี่ยไรสร้างพระบรมรูปทรงม้ามาขยายกิจการของโรงเรียนมหาดเล็ก โดยให้จัดการเรียนการสอนอย่างโรงเรียนในประเทศเยอรมนีและประเทศฝรั่งเศสที่เรียกว่า "School of Science" แบ่งแผนกสอนวิชาต่างๆ เช่น กฎหมาย การปกครอง การเพาะปลูก พร้อมกับให้รับบุคคลทั่วไปโดยไม่จำกัดชาติตระกูล
พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระบรมราชวินิจฉัยเห็นพ้องด้วยกระแสพระดำริของ พระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ากรมขุนพิษณุโลกประชานาถ ดังนั้นเมื่อวันที่ 1 มกราคม 2453 (นับอย่างปฏิทินเก่า) หรือ 2 เดือนหลังการสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ สถาปนาโรงเรียนมหาดเล็กขึ้นเป็น โรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีสภากรรมการจัดการกับทั้งพระราชทานเงินที่เหลือจากการเรี่ยไรสร้างพระบรมรูปปิยมหาราชานุสาวรีย์จำนวนเงิน 982,672.47 บาท เป็นทุนก่อสร้างโดยทำการเรียนการสอนในพระบรมมหาราชวัง
พ.ศ. 2456 สภากรรมการโรงเรียนข้าราชการพลเรือนได้ปรึกษาเห็นสมควรสร้างตึกใหญ่ของโรงเรียน หรือตึกบัญชาการเป็นแบบไทย โดยมอบให้ ด๊อกเตอร์คาร์ล ดอห์ริง (Dr. Karl Dohring) นายช่างชาวเยอรมันซึ่งรับราชการในกระทรวงมหาดไทย และมิสเตอร์เอ็ดเวิร์ด ฮีลีย์ (Edward Healey) นายช่างชาวอังกฤษ ซึ่งรับราชการในกระทรวงธรรมการ เป็นสถาปนิกผู้ออกแบบ โดยใช้แบบไทยโบราณที่สุโขทัยและสวรรคโลกเป็นแบบตึกของโรงเรียน ซึ่งปรากฏเป็นถาวรวัตถุอันทรงคุณค่าของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในเวลาต่อมา
ก่อนหน้าที่จะสถาปนาเป็นจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปรากฏหลักฐานมีข้าราชการผู้ใฝ่ใจในการศึกษาได้เสนอแผนการยกสถานะจากโรงเรียนข้าราชการพลเรือนขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยเมื่อ พ.ศ. 2456 โดยพระยาวิสุทธสุริยศักดิ์เสนอให้จัดการเรียนการสอนระดับการอุดมศึกษา ด้วยการตั้งมหาวิทยาลัย
ขุนนางอีกท่านหนึ่งที่เสนอแนวคิดให้สร้างมหาวิทยาลัย คือ เจ้าพระยาธรรมศักดิ์มนตรี (สนั่น เทพหัสดิน ณ อยุธยา) ได้แถลงแนวคิดของตนเมื่อ พ.ศ. 2457 ในบทความเรื่องของโรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ลงพิมพ์ในหนังสือล้อมรั้ว
เมื่อถึง พ.ศ. 2458 เจ้าพระยาธรรมศักดิ์มนตรีได้กราบทูลถึงเรื่องการตั้งมหาวิทยาลัยต่อพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งมีพระราชดำริเห็นชอบก่อตั้งมหาวิทยาลัย ในปีต่อมา พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระบรมราชโองการประดิษฐานโรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวขึ้นเป็นจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 26 มีนาคม 2459 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งกรมมหาวิทยาลัยขึ้นอีกกรมหนึ่งขึ้นตรงต่อกระทรวงธรรมการ มีตำแหน่งหัวหน้าเป็นชั้นอธิบดีจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยขึ้นกับกรมนี้ โดยมีพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นชัยนาทนเรนทร ทรงดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมมหาวิทยาลัยเป็นพระองค์แรก และมีพระยาอนุกิจวิทูร (สันทัด เทพหัสดิน ณ อยุธยา) เป็นผู้บัญชาการจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยคนแรก (ต่อมาตำแหน่งนี้เปลี่ยนไปเรียกเป็นอธิการบดี ตั้งแต่ พ.ศ. 2478 เป็นต้นมา)
ภายหลังการสถาปนาอย่างเป็นทางการ ใช่ว่าการดำเนินงานจะราบรื่น ยังปรากฏปัญหาบางประการ อาทิ งบประมาณที่ไม่เพียงพอ สถานที่ตั้งห่างไกลไม่เหมาะเป็น "ตลาดวิชา" สำหรับการศึกษาที่กระจายไปสู่ราษฎรทั่วไป เพราะการคมนาคมลำบากแก่ทั้งคณาจารย์ที่จะไปสอนและไม่จูงใจแก่นักศึกษาที่จะไปเรียน และยังกระทบต่อการใช้เงินงบประมาณเพราะมีอยู่อย่างจำกัดเพียงแค่ 9 แสนกว่าบาทเท่านั้น แต่ต้องลงทุนสร้างสถานที่ ระบบสาธารณูปโภค กับซื้อหาครุภัณฑ์ใหม่หมด อีกทั้งมหาวิทยาลัยยังไม่มีแนวทางในการจัดการผลประโยชน์อันจะก่อให้เกิดรายได้ทั้งที่มีที่ดินจำนวนมาก หรือแม้แต่ตัวตึกเรียนก็ไม่มีความเหมาะสม ทั้งสถานที่ตั้งซึ่งสร้างชิดถนนมากเกินไป หรือการออกแบบที่ไม่เหมาะสม เช่น มีห้องเรียนขนาดเล็ก หรือบันไดที่มีขนาดคับแคบ แต่ตัวตึกกลับมีขนาดใหญ่เกินไปจนยากแก่การดูแลรักษา เป็นต้นความเปลี่ยนแปลงอีกเช่นกันที่จะนำไปสู่ภาวะความมั่นคงของสถาบันการศึกษาแห่งนี้ในเวลาต่อมา พ.ศ. 2477 จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้เปิดการเรียนการสอนถึงระดับปริญญาเพิ่มเติม กำหนดรูปแบบการบริหารงานใหม่โดยการประกาศใช้พระราชบัญญัติจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พุทธศักราช 2477 กำหนดให้จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเป็นนิติบุคคลอยู่ในความควบคุมของสภามหาวิทยาลัย ตั้งตำแหน่งอธิการบดีแทนตำแหน่งผู้บัญชาการ